胆囊结石的自然病程有以下三个阶段：

第一阶段：指结石自胆囊内形成时候开始，结石可分为单个或多个，可以是新形成的，或已存在长时间。病人亦无明显症状，或只有轻微的不典型的消化道症状。此期特点为胆囊仍能保持正常的吸收、浓缩功能，故可通过口服胆囊造影显示出结石。胆囊呈轻度的慢性炎症性改变，囊壁略增厚。这种情况多见于年轻女性病人，病情常发展至第二阶段；但也有一些病情可稳定一相当长时间。

第二阶段：即胆囊结石出现并发症阶段，并发症多由结石的梗阻引起，或起源于梗阻而发展起来的一些病理改变。主要表现为程度不同的胆绞痛。较小的结石嵌顿于胆囊颈部，常导致剧烈绞痛，而大的结石因不易完全阻塞胆囊颈部，所以不引起剧痛。当胆囊出口被结石阻塞，胆囊内压升高，胆囊内容物不能排出，高浓度的胆盐可引起胆囊粘膜损害，而胆囊粘膜的炎症、充血、水肿、渗出，将进一步增高胆囊内的压力，由此，可发生水肿、出血、坏疽，化脓等急性胆囊炎。老年人更易发生上述情况，甚至胆囊穿孔。随着结石梗组的解除，胆囊的急性炎症便迅速好转，并逐渐转为慢性胆囊炎阶段。胆囊可能肿大、积液，或甚至呈萎缩状。胆囊吸收、浓缩功能基本或完全丧失。这一阶段约15%的病人伴有胆总管结石。

第三阶段：即胆囊外并发症阶段。并发症的发生及其严重性，一般与病程，特别是与病人的年龄有密切关系：60岁以上并发症多，胆总管含结石率高，死亡率也较高。在诸多并发症中，常见于胆囊者为：胆囊积液、积脓、胆囊肠道内瘘。约0.5%～1.0%的胆囊结石可发生胆囊癌。胆囊和胆道的感染、阻塞性黄疸、化脓性胆管炎、肝功能损害等在这一阶段常见。